Mit 23 Jahren war er der jüngste Dozent Harvards, wo er 1951 auch promovierte. Bereits sein Buch The Soldier and the State (1957) sorgte für Aufsehen und löste eine anhaltende Kontroverse aus. Huntington beschreibt darin die Veränderungen in den Beziehungen zwischen Bürgern, Militär und Staat. Seine scharfe Analyse trug dazu bei, daß er 1959 zum stellvertretenden Direktor des Instituts für Kriegs- und Friedensforschung an der Columbia-Universität berufen wurde. In seinem Werk Political Order in Changing Societies (1968) analysiert er, ausgehend von der Dekolonisierungswelle und der Eskalation in Südostasien, die Entwicklungen der sechziger Jahre und präsentiert seine Modernisierungstheorie. Dabei geht Huntington davon aus, daß Modernisierung zwangsläufig zu Phasen der politischen Instabilität führe. Zur Überwindung dieser Turbulenzen auf dem Weg zur Demokratisierung sind laut Huntington politische Institutionen erforderlich, durch die Diktaturen bzw. Einparteienstaaten verhindert werden können. Diese Theorie wandte er auch auf Vietnam an und beriet US-amerikanische Entscheidungsträger.
Der seit 1963 in Havard lehrende Huntington wurde 1973 zunächst stellvertretender Direktor des Zentrums für internationale Beziehungen, 1978 schließlich Direktor (bis 1989). Aufgrund dessen und seiner Tätigkeit als Koordinator der Sicherheitsplanung für den Nationalen Sicherheitsrat unter Präsident Carter fällt es seinen Kritikern schwer, ihn politisch als »Rechten« abzustempeln. Huntington beriet verschiedene Regierungen bei der Umsetzung politischer Reformen, darunter auch die südafrikanische, die sich durch das Modell des »power-sharings« einen Ausweg aus der Rolle des Pariastaates erhoffte. Bei diesen internationalen Beratungen verfolgte Huntington immer das Ziel eines weltweiten Ausbaus der Demokratie. Er räumte jedoch ein, daß Demokratien häufig sehr zerbrechliche Regierungsformen sein könnten. Darüber hinaus akzeptierte er auch repressive Maßnahmen im Rahmen der Aufstandsbekämpfung. Seine These vom »Zusammenprall der Kulturen« ist in dieser Hinsicht eine bemerkenswerte Kurskorrektur, bei der er, vermutlich auch basierend auf eigenen Erfahrungen, u. a. zu der Schlußfolgerung kommt, daß westliche Werte einmalig und keineswegs universal seien. Die 1993 aufgestellten Thesen waren eine Reaktion auf den Zusammenbruch des bipolaren Weltsystems und den Aufstieg der USA zur alleinigen Supermacht.
Als zu »konservativ« und »holistisch« kritisiert, verschärfte Huntington 2004 durch die Veröffentlichung von Who Are We? ein weiteres Mal seine Position. Er kritisiert darin die Zuwanderungspolitik der USA und macht den Multikulturalismus als Bedrohung für die US-amerikanische Identität aus. Er beleuchtet außerdem die demographischen Verschiebungen und die daraus resultierenden Folgen für den zukünftigen Zusammenhalt der USA. Huntington kann als politischer Realist betrachtet werden, der in der Lage war, die Schwächen der eigenen Überzeugungen zu erkennen und zu überdenken. Sein Modernisierungs- und Demokratieoptimismus scheint mit dem Ende des Kalten Krieges zunehmend zu verblassen. Seine Kulturkampftheorie, in der »Ethnizität«, Lokalpolitik und »Zivilisation« die Globalpolitik bestimmen, erwies sich als eine realistische Prognose. Die Harmonieversprechen eines »Endes der Geschichte« und der »multikulturellen Gesellschaft« sind weitgehend widerlegt.
Der einzige Vorwurf, den man Huntington machen könnte, ist der, daß er den Anteil der ethnischen Konflikte unterschätzt hat. Diese stellen die Mehrzahl der Krisenherde. Dennoch blieb deren Eskalation, zu weltweiten Zivilisationskriegen, bisher aus. Nach den Anschlägen vom 11. September 2001 äußerte sich Huntington zunehmend besorgt über eine Sicherheitslage, die für die Menschen im Westen ein dauerhaftes Leben mit dem »Quasikrieg« bedeuten würde. An die Stelle der Bedrohung durch zwischenstaatliche Kriege sei die durch terroristische Akteure im Inland getreten. Er riet den USA davon ab, im Irak einzumarschieren, und empfahl eine stärkere Konzentration auf die innere Stabilität des eigenen Landes, dessen Institutionen durch Multikulturalismus und Identitätserosion geschwächt seien. Huntington schien zu ahnen, daß seine »kulturellen Bruchlinien« sich schon lange nicht mehr durch den Balkan oder das Himalaya-Gebirge ziehen, sondern durch die Straßen amerikanischer Großstädte oder die Grenze zu Mexiko.
Schriften: The Soldier and the State. The Theory and Politics of Civil-Military Relations, 1957; Political Order in Changing Societies, New Haven 1968; American Military Strategy, Berkeley 1986; The Third Wave. Democratization in the Late Twentieth Century, Norman 1991; Kampf der Kulturen. Die Neugestaltung der Weltpolitik im 21. Jahrhundert, München/Wien 1996; Who Are We? Die Krise der amerikanischen Identität, Hamburg/ Wien 2004.